Coverage matrix
Benchmarks ร 12 pipeline stages. Gaps reveal under-benchmarked segments.
| Benchmark | Virtual Cell | Disease Modeling | Target ID | Hit ID | Lead ID / ADMET | Developmental Candidate | IND-enabling | Phase I | Phase II | Phase III | Clinical Development | Post-market / RWE |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ADMET-AI | โ | โ | โ | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| AMES (mutagenicity) | โ | โ | โ | โ | โข | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ |
| ASAP Discovery Antiviral 2025 | โ | โ | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| Boltz-1 Structure Prediction Benchmark | โ | โ | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| CAFA5 | โ | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| CAMEO weekly targets | โ | โ | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| canSAR | โ | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| CAPRI Rounds | โ | โ | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| CASF-2016 | โ | โ | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| CASP15 | โ | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| CASP16 | โ | โ | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| Cell Line Sensitivity Benchmark (CLSB) | โ | โ | โข | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| ChEMBL | โ | โ | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| ClawBio Skill Correctness Bench | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โข | โ |
| ClinBench Quarterly (Insilico) | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โข | โข | โข | โ |
| ClinBench Quarterly โ Q2 2026 | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โข | โ |
| ClinTox | โ | โ | โ | โ | โข | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ |
| CoV-AbDab | โ | โ | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| CPTAC Proteogenomic Benchmarks | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โข | โ | โ | โ |
| CRISPR Outcome Prediction Benchmark | โ | โ | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| CT-Outcome (TrialBench v2) | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โข | โข | โ | โ |
| CZ Virtual Cell Challenge | โข | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| DEKOIS 2.0 | โ | โ | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| DepMap (Cancer Dependency Map) | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| DILI / LD50 Zhu | โ | โ | โ | โ | โข | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ |
| DisGeNET | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| DMPK Integrated Benchmark | โ | โ | โ | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| DOCKSTRING | โ | โ | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| DrugComb 2.0 Synergy Benchmark | โ | โ | โ | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| DUD-E | โ | โ | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| FAERS (raw) | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โข |
| FLIP | โ | โ | โข | โ | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| Geneformer Eval | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| GNNBench-Drug 2026 | โ | โ | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| GuacaMol | โ | โ | โ | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| hERG (cardio-tox) TDC | โ | โ | โ | โ | โข | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ |
| HINT / TrialBench | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โข | โข | โข | โ |
| IgLM / AntiBERTa benchmarks | โ | โ | โ | โข | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| ISM Benchmarks: ADMET (Insilico) | โ | โ | โ | โ | โข | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ |
| ISM Benchmarks: GPCRs (Insilico) | โ | โ | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| LINCS L1000 / CMap | โข | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| LIT-PCBA | โ | โ | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| Longevity Benchmark (Insilico) | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โข |
| Longevity Compound Benchmark | โ | โ | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| MatBench | โ | โ | โ | โ | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| MIMIC-IV Benchmark Tasks | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โข | โข | โข |
| MoleculeACE | โ | โ | โ | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| MoleculeNet | โ | โ | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| MOSES | โ | โ | โ | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| mRNA Design Benchmark (CodonBench 2026) | โ | โ | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| Obach PK Dataset | โ | โ | โ | โ | โข | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ |
| Observed Antibody Space (OAS) | โ | โ | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| OffSides / TWOSIDES | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โข |
| Open Problems: Perturbation Prediction | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| Open Systems Pharmacology / PK-Sim | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ |
| Open Targets Platform | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| ORD Reaction Benchmark | โ | โ | โ | โ | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| PDBbind | โ | โ | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| PEER | โ | โ | โข | โ | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| PerturbBench | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| PINDER | โ | โ | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| PLINDER | โ | โ | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| PLINDER v2 Protein-Ligand Benchmark | โ | โ | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| Polaris ADMET | โ | โ | โ | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| Polaris Biologics (Polyreactivity / SEC / Tm) | โ | โ | โ | โ | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| PoseBusters | โ | โ | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| Practical Molecular Optimization (PMO) | โ | โ | โ | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| PrimeKG | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| Protein Design Benchmark 2026 | โ | โ | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| Protein Language Model Eval 2026 | โข | โ | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| ProteinGym | โ | โ | โข | โ | โข | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ |
| PubChem BioAssay | โ | โ | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| RxRx3 Phenomics Benchmark | โ | โ | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| SAbDab | โ | โ | โ | โข | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| scGPT Evaluation Suite | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| scImmuneBench | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| scPerturb | โข | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| SIDER | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โข |
| Simcyp Validation Sets | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โข | โข | โข | โ | โ | โ |
| STRING | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| TAPE | โ | โ | โข | โ | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| TargetBench (Insilico) | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| TDC ADMET Group | โ | โ | โ | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| TDC DrugSyn (OncoPolyPharm + DrugComb_NCI60) | โ | โ | โ | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| Therapeutic Antibody Design Benchmark 2026 | โ | โ | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| Tox21 | โ | โ | โ | โ | โข | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ |
| ToxCast | โ | โ | โ | โ | โข | โ | โข | โ | โ | โ | โ | โ |
| Trial Outcome Prediction (TOP) | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โข | โข | โ |
| USPTO-50K / USPTO-MIT (Retrosynthesis) | โ | โ | โ | โ | โข | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ |
| Virtual Cell Benchmark Suite 2026 | โข | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ | โ |